上回讲到明朝曾经有过针对“捣巢日本”的完备的作战计划，但因种种原因而被迫搁浅，反受其咎了。
同时，他吸取张文熙被弹劾的经验。许孚远在奏疏中还着重辩驳了时论所担忧的军费和航海风险问题，并指出不应该以元朝征倭败绩旧事托为借口（其对元朝征日的问题分析在今天仍然有些借鉴价值）。
许孚远的奏疏在呈报朝廷后，其方略中的“用间”、“备御”两项当即被采纳，而“征剿”则因为时机不到而被暂时搁置。但总的说，《请计处倭酋疏》的提出，可视为明廷东征日本战略的成熟计划，可付诸实践。
可谓，万事俱备只欠东风，因为东征构想的最终结果还是胎死腹中，毕竟谁也没有想到，这股“东风”会因为朝鲜战场上南原失陷的惨败而被最终搁置。当然了，明朝援朝抗日前后打了七年，消耗巨大啊！
万历二十五年（西元1597年），在朝鲜战场上，明朝将领杨元所部三千兵马拒守的南原城遭到近六万日军围攻。第二年，南原城失陷。南原之败“亡官军二千七百，马三千四百”，这是明军援朝少有的惨败！
但是，明廷高层并未因此而畏惧。相反，明廷一边调军入朝鲜再战，一方面重新拿出了尘封已久的“征剿日本”之策，打算来个“围魏救赵”，毕竟在朝鲜战场上与日本鬼子消耗了那么久，已感觉财政顶不住了！
万历二十六年（西元1598年），御史徐兆奎上奏，提出了征讨日本本土的“捣巢之策”：“朝鲜闲山失利， 东方亟索舟师，阁臣议募闽省惯海商船以资防剿。御史徐兆魁言其不便，议欲选兵繇陆而行，并委道赴淮造船，兼议捣巢之策。”这说明各地官员得知到朝廷财政困难，觉得可用别的办法尝试直接出兵日本。
兵部覆议之后，在徐兆奎的建议基础上，又进一步完善，“至于关酋背道逆天，虐用其众， 闻各岛愤怨，已非一日，糾合出奇诚因势利导之策也。
举事莫先于浙，尤莫便于闽 、广，以曰本多两省之人，可以响应 ，两省多近洋之国 ，可以结联，加之商贩杂出其间，可以别用，是在各督抚同心秘计，随便酌行，如忠义可鼓，勿待正兵，事机可乘，勿待奏报而一切假之便宜，勿以议论束縛，致令制肘。上是其议。”由此可见，兵部复议得到了万历帝的首肯。
由此可见，东征日本本土的“捣巢战略”被正式敲定，并进入了初期实施阶段。此次的“捣巢之策”注意事项主要包括：其一，确定实施主体为浙江、福建、广东三省；其
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