【东晋的掌权者中，司马元显就因为颁布不合时宜的政令激起民变，桓玄则设定繁密科条，且政令无常，导致怨声载道。
针对“晋纲弛紊”“臣道专行”等乱象，刘穆之着手调校矫正法令，刘裕以身作则，在两人的通力合作下，“改乱章，布平道”，“威令一施，内外从禁”，仅在两三天内，东晋朝堂的风气为之大变。
更难得的是，两人因为都是微末出身，对东晋门第政治深恶痛绝，他们共同整顿吏治，依照策试的方式甄别名不副实的秀才、孝廉，重用出身“寒微”却有真才实学的人，奠定了南朝“寒人掌机要”的政治格局，也为后来科举制的兴盛铺平道路。】
【刘裕和刘穆之两人的君臣相知，引起了刘毅的忌妒。
刘毅是何许人也？他的发迹史其实和刘裕十分相似，而且还是出生于豪门大族。
刘毅同样投身北府兵，共同讨伐桓玄，有兴复晋室之功勋，身居高位手握重权。
而越是相似，刘毅就越不服刘裕，“我以一时之功相推耳，汝便谓我不及刘裕也！”
然而刘毅多次兵败，却使得他的声望愈发比不过刘裕。】
【义熙三年（407）扬州刺史、录尚书事王谧去世，刘毅看到了扳倒刘裕的机会，他建议朝堂要么派遣亲近自己的中领军谢混接替刘裕掌管扬州；要么任命刘裕为扬州刺史，由左仆射孟昶执掌中枢。刘毅想得很美好：要么刘裕放弃自己的根本之地扬州，要么外镇一方受到朝廷掣制。
“扬州根本所系，不可假人”，“今若复以他授，便应受制于人”，刘穆之一眼识破刘毅的谋划，他建议刘裕两边都不能放弃，要刘裕亲自入朝为己方谋划，“公至京，彼必不敢越公更授余人”，还说了之前的那句“古有挟天子以令诸侯，今其时也”。】
【刘裕入朝辅政，无人敢拦，他还被授予了侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事，兼徐兖二州刺史，得以掌握朝政大权，刘毅的算盘算是彻底落空了。
更关键的是，刘穆之此时竟然已经预料到了刘毅等人终会与刘裕兵戈相向：“力敌势均，终相吞咀”。】
“我感觉这个人跟三国时候的一个人很像！”
“仅仅把刘穆之归于谋士，或许稍微有些狭隘了。”
“刘穆之洞察时局，高瞻远瞩，是个不可多得的战略人才啊！”
【义熙六年（410），刘裕带兵北伐南燕之时，广州刺史卢循起兵造反，刘毅率军拒之。刘裕
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