逮治方士王金等人，追夺邵元节、陶仲文等方士的官爵。他还下令取消自己的祖父睿宗朱祐杬配天的资格，以迎合反对世宗追尊其父的舆论。
朱载坖登基没多久，又让臣民有所失望。他上朝时不怎么说话，平时也很少主动表态或垂询臣僚，“临朝之时，圣容端拱，未尝时赐清问，体察民情；诸司奏章，少经御览；经筵日讲，止袭故常，未尝虚心询访”。
而且朱载坖自隆庆元年以来多次宣布“免朝”，并且屡屡“不躬庙祀”（不亲祭太庙），在宫中享乐，引发群臣谏诤不断，有人形容这类奏章“足可编纂成为一本专题汇编”。
但朱载坖并未有所改观，还对石星、詹仰庇、李已等劝谏他的言官施以廷杖。
在朱载坖“端拱渊默”的情况下，朝廷的运转以内阁为中心。
隆庆朝的内阁有九名大学士，分别是徐阶、李春芳、高拱、郭朴、陈以勤、张居正、殷士儋、赵贞吉、高仪。
其中最重要的是徐阶、高拱、张居正三人，三人皆有才干，但互相倾轧。
隆庆之初，徐阶与高拱争权，徐阶利用言官的声势迫使高拱及其同党郭朴去位。但徐阶因为劝谏朱载坖而得罪过不少宦官，张居正亦与高拱联手，串通宦官李芳，迫使徐阶去位，以李春芳为内阁首辅。
朱载坖将朝政交给阁臣，自己深居宫中，纵情声色，即使出宫也有游玩，为了满足他的欲望，他不断向国库提取巨额银两以供御用，当时江南经过倭寇之乱，十分疲敝，工部陈述这一状况，强调江南人民是“陛下所宜怜也”。
朱载坖充耳不闻。工部又请求按“原发花样令其督造”，不要增加“续发花样”，朱载坖强调“朕用不可缺”，让李佑继续“遵旨织造”。
朱载坖登基后还沉湎女色。本来他在裕王府时谨小慎微，“姬御甚稀”，即位就“掖廷充斥”。
朱载坖即位两年半，就封了十三名妃子，嫔以下的临幸女子更是不计其数。他每次增选宫人，都在三百人左右，年岁在十一至十六岁之间的民间女子。
隆庆朝期间改革人事，整顿吏治，宠幸宦官，不过，终隆庆一朝，得宠宦官如滕祥、崔敏、李祜、陈洪、孟冲等人终究还是以争饰奇巧淫技，代帝聚敛为主，即使受命监管团营的吕用、高相等人，也未实际攫得军政大权，尚未出现类似王振、汪直、曹吉祥、刘瑾这样已能左右国政的权奸。
朱载坖进行清丈土地和试行一条-鞭-法早在嘉靖初年即由一些地方官在局部地区进行过
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