申时行听后难掩激动之色，立即拱手而拜道：“陛下此为良谋也！比禁天下书院讲学，无疑更利国利民。”
“书院原本多靠地方官僚与乡绅资助。”
“所以，要么因官僚积蓄不足，故往往因一官僚重学校而兴，也往往因一官僚轻视学校而衰；”
“也往往因当地新崛起的乡绅愿意助学而兴，也往往因新崛起的乡绅不愿意助学而衰。”
“另外，又因为在书院讲学者多为官绅，故书院从学和管理书院者，也就多得官绅庇佑而逃税乃至侵民田产或强役兵民；故使市乡之小民对其多为鄙夷。”
“也正因为书院讲学者多为官绅，而百姓难进，所以，书院所讲所传之学多不切实际，多是空谈心性，这也是太师不喜书院讲学之原因。”
“若能由朝廷出资接管天下书院，一则可以免使书院扰民，二则也免治学之地不能延绵文道，三则也可免使书院讲学之士绅皆是空谈之辈，而能得朝廷引导，多重实际，为将来崇尚太师重事功之实学做准备。”
申时行附和起来，且对其做了一番分析。
如此，既是不让天子觉得自己只是简单的奉承而是真的有在思考，也让天子看见自己是否与其理念一致。
“那就同时下诏，增设学部，拆分礼部举业与学校事务于学部！”
“同时，下诏令各布政司学政官查缉天下书院，奏请为官学，且奏请所推山长和书院其他管事者为学部祭酒官和司业、博士等官，同国子监祭酒品级，直属学部管理。”
“另外，各布政司学政官兼任学部侍郎官，以便于管理所在布政司的书院。”
朱翊钧也就如此对申时行吩咐起来。
申时行听后拱手称是。
于是，不久后，朝野就开始得知皇帝已下诏祀王守仁、陈献章二儒于孔庙，还增设学部，收天下书院为官学。
“谓崇王则废朱者，不知道固相成，并行不悖。盖在朱时，朱与陆辩，盛气相攻，两家弟子有如仇敌，今并祀学宫。朱氏之学，昔既不以陆废，今独以王废乎？”
“故守仁、朱熹学术，互相发明，不能因此废彼，当令其从祀。”
张四维在《邸报》上看见诏旨内容后，就暗自念了起来。
一时，张四维念着念着就把《邸报》摔在了桉上：
“先严行考成之法，现在又让王、陈从祀孔庙，我这个首辅还没下呢，他申吴县就这么迫不及待地要露自己锋芒？！”
…。。