岛上还有一千多人，其中西班牙籍的只有几十人，剩下的基本都是吕宋土着。
郑芝龙放了一个人，让他回去找上级汇报，拿钱过来赎人。他打算再讹西班牙人一波。不过他这次的如意算盘肯定是要落空了，西班牙人直接抛弃了这些人。
他又在台北呆了几日，等一切稳定下来后，让郑芝豹留守。自己带着兵踏上了归程。
至此，整个台湾岛，除了土着外，已经没有任何外部势力。
对于原住民，朱由检不打算赶尽杀绝。
只要尽可能多地往岛上移民，以汉人的同化能力，把他们汉化只是时间问题。
无论是生产力，还是社会文化，朝更先进的方向发展是必然。通俗来讲，若是能有吃有穿，衣食无忧，会有越来越多的人不愿意呆在深山老林里。
于是他下令设立台湾布政使司，设台北，台南二府。并任命施邦曜为台湾布政使司左布政使。
施邦曜也是甲申之变后陪着殉国的忠臣。
他得知崇祯上吊后，解下了自己的腰带。高喊了一句：“君殉社稷矣，臣子可偷生哉！”然后就上吊了。
但是被仆人救了没死成，他把仆人骂了一顿，又让仆人买来砒霜，和着酒喝完自杀了！
若说一个人有勇气自杀一次，可能是脑子一热的事儿。但接连自杀两次，那应该是真的不想活了。
朱由检选他当左布政使是经过深思熟虑的。
一是他为人正直，且和郑芝龙打过交道。
郑芝龙刚归顺朝廷的时候，施邦曜时任漳州知府。郑芝龙为了拉拢他，将一件用琥珀黄金制作的礼品赠送给了他。
施邦曜见此礼品制作工艺极佳，非常喜欢，当即留下了这件礼品。
但是他留下东西仅仅是为了观赏。第二天清晨，便命人将礼品原样奉还。当时郑芝龙本以为施邦曜也是一个见好就收的贪官。没想到第二天刚起床，见知府衙门早已差人把礼物奉还，还告诉郑芝龙，说知府对这件礼品十分赞赏，但只可欣赏，不可收下。
从此之后，郑芝龙对施邦曜的为人深深叹服。
二是他为人心善仁厚。
他曾经买过一个使女，让她打扫庭院。没想到石女打扫到院子的东面墙角时，竟然拿着笤帚对着墙角哭了起来。
邦曜感刚好经过，奇怪地问她为什么哭泣。使女回答说：“这里曾经是我先人御史的宅院，我小的时候在这玩耍时还在这里掉过耳环。现在到这里不自觉
…。。