当处决行动开始的时候，密集的枪声响起，入肉的声音，伴随着惨叫的发生，这些战俘才猛然发现，日本鬼子压根就不是想要安置他们，而是要把他们杀死，之前所讲的安置，得到公平的对待都是假的，那是为欺骗他们才讲的。
然而，一切都晚了。
枪声和绝望的哭喊交织在一起，这些投降的中国人在绝望中，痛苦的挣扎死去。
一个小时后，人群变得鸦雀无声。
日本士兵开始用刺刀逐个砍刺尸体，从夜晚一直持续到天亮。
随后，如何处理尸体，对日军来说，成为一个巨大的问题。
在幕府啥三的大屠杀中，死亡人数只占日军在金陵城内外屠杀人数的一小部分，但是清理尸体的工作，持续了好几天。
将尸体掩埋是一种办法，但中岛将军在日记中抱怨，很难找到可供掩埋七八千人尸体的巨大壕沟，把尸体火化也是一种办法，但是日军通常缺乏足够的燃烧。
在幕府山屠杀之后，日军在尸体堆上浇了好几大桶汽油，但还没等到尸体化为灰烬，汽油就用完了，结果只剩下一大堆被烧焦的尸体。
于是，有很多尸体都是抛入到了长江之中。
到后来，日军找到了方法，便是让俘虏们自己挖掩埋自己的坑。
日军不光屠杀中国军人，同样还屠杀拼命。
夏远率领三十余人的残兵，撤退的较晚，行动比较隐蔽，所以遇到的都是日军屠杀后的场景。
有学校，有商铺，有医院，尸体遍地都是。
且从城里的各个方向，又传来零碎的枪声，不知道是不是城中还有人抵抗，还是日本鬼子在射杀逃跑的金陵城普通民众。
夏远倒是能够沉住气，他带着这些人，一边搜寻落单的溃兵，一边把伤员安排在老百姓的家中暂时休养。
但他心中也清楚，这样的方式治标不治本，日本鬼子迟早会在整个金陵城展开血腥屠杀。
日军内部，对于大屠杀的开始，始终是一个不解之谜。
有人说是朝香宫擅自下令，随后销毁文件。
也有人说，命令是松井石根联合朝香宫下达的：“此次我皇军进攻金陵，支那军顽强抵抗。为致谢皇恩御酒御烟，发扬威武慑服敌国首都金陵，杀掉全部俘虏。”
命令还说：“观察华北和沪上战场，一般支那老百姓，纵令是老人、女人或者小孩，很多从事敌人的间谍，或告知以日军的位置，或诱敌袭击日
…。。