李琎分配好兵士的田产之事，稳定军心后，就佯装中计，以采购战马为由出京，之后就失去了踪迹。
不久，李祖述就带着李琎的信物找到了申湛然，要求申湛然配合他的行动。
申湛然初时佯作不肯，不过当李祖述拿出李琎盗取太仓库银的证据，以及李琎送给申湛然、刘文炳等人的记录后，申湛然表现得十分愤怒，同时也故意显露出一丝软弱。
李祖述见状，又趁机劝解申湛然，告诉他，崇祯既已得到朱元璋的兵法真传，恐也继承了对方的残暴。
并历数洪武年间朱元璋诛杀的功臣勋贵，示意崇祯绝非他的最佳选择。
随后又特意提醒申湛然，别看他现在风光无限，一旦扫除叛乱，就是他命陨之时。
其实申湛然在张应京之事后，心中就一直有些担心，此刻闻言，立时表现出犹豫之色。
李祖述见状，又趁机游说，并许以重利。
申湛然借机打探详情，李祖述只是隐讳告诉他，说自己南京方面有人，定可保他富贵。
申湛然试探无果，只得佯作无奈地应了下来。
不过他为免李祖述生疑，也知对方一直在打太仓银子的主意，就又佯作不甘，假装想抹平李祖述制造的贪墨痕迹，给对方制造机会。
这才有了他向朱元璋请旨，拨付五十万犒军之事。
果然，当他的书信传出去后，太仓不久就失了火，之后便是转移库银之事。
申湛然虽不知李祖述会如何盗取库金，但是他知道对方一定会动手，所以他也一直紧紧地盯着此事。
没想到库银进入常盈库才两日，他就发现库银已经被调包了。
申湛然发现此事后，心中也有些着急。
因为他知道这批银子事关重大，同时也不知该相信谁。
不过他是有韬略，也是有担当的人，惊慌过后，便不着痕迹地瞒下一切，暗中查访。
他因担心李祖述借运粮之机将银子运出城去，还特意让朱慈烺下令，暂停运粮外出等事。
申湛然本以为李祖述会来找他相助，没想到对方却并未前来，这不禁让他有些疑惑。
不过最后李祖述还是来了，却不是要求他帮忙运送银子，而是要他不要再查潜伏在京城外的兵马。
直到此时，申湛然才知李祖述从未相信过他，只是故意给他一些假消息，误导他的判断。
因此他明面上调回了香河那边的锦衣卫，暗地里却又
…。。