吏升降的条例，明确规定“户口增”、“田野辟”是考察地方官吏的主要标准。
在刘秉忠、姚枢等的提议下，忽必烈又命王祯编写《农书》和《农桑衣食撮要》两书，指导地方农业生产。
接着，忽必烈在汉族官僚的建议下，又颁布了一系列命令，严厉禁止蒙古军队的掠夺、屠杀及其他破坏农业生产之举。对统治区域的户口进行了一次大清查，将诸王贵族、权豪世家非法占为“驱口”的百姓追查出来，让他们编籍为民。
忽必烈在重农的同时，也重视商业，信任商人，还任用各族商人出任中央政府的高官和各级政府的官吏。正是在忽必烈的重用下，出身汉族的财政官员王文统、出身花剌子模的阿合马、吐蕃人桑哥以及汉族商人卢世荣等，才先后以理财、经商爬上了高位。
这个王文统，就是以经商而官至中书省平章政事。可惜这位以经商登上高位的王文统好景不长，正当他仕途得意平步青云之时，其女婿李璮在山东伺机造反。忽必烈大怒，倾全国兵力平叛，几日之内，就肃清叛乱。忽必烈采取首恶必办，胁从不问的善后方针，杀死李璮，处死王文统，稳定局势。为此，忽必烈下了一道旨意：
“居大藩者，子弟不得亲政；父兄子弟并仕同途者，罢其子弟；诸侯总兵者，其子弟勿复任兵事。”又颁布了一份诏书：“以蒙古人充各路达鲁花赤，汉人充总管，回回人充同知，永为定制。”
平定了李璮的叛乱后，忽必烈重用儒吏，兴利除害，深得民心。江北地区，家给人足，境内大治。
在忽必烈汗登上汗位之初，蒙古大将霸都鲁向忽必烈建议道：
“臣曾随父辈征战东方之地，观幽燕之地，龙盘虎踞，形势雄伟，南控江淮，北连朔漠，为中原之要冲。且天子必居中以受四方朝觐。大王果欲经营天下，驻跸之所，非燕京不可。”
忽必烈闻之，颇为心动，询之于刘秉忠等人，刘秉忠奏道：
“漠南汉地已归我所有，中原、江南亦旦夕可下，故而定鼎、驻跸之所不应再在漠北。和林地广人稀，气候寒冷，交通多有不便，不宜对全国进行有效的统治。陛下可参考唐朝的两都制和辽金的陪都制，以燕京为国都，以开平为陪都，亦无不可。”
忽必烈闻言大喜，下令成立提点宫城所。责成刘秉忠、谢仲温等负责新城址的选定，城池、宫阙的规划，包括祖社朝市之位、经营制作之方等；张柔、张弘略父子、段天佑、也黑迭儿等行工部事，领导宫城的修建工作；郭守敬负责新
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