从此后官府开始打压摩尼教。摩尼教后来改称为“明教”之后又和“弥勒教”、“白莲社”结合，逐渐演变成后来的白莲教。
元代时期，蒙古人不了解中原的民间宗教，白莲教得以休养生息逐渐壮大，直到明朝洪武皇帝朱元璋下诏打压一切民间邪教，白莲教再次受到打击转入地下。也有传说，说朱元璋本来就是明教的教徒造反起家，所以明朝的明字就是明教的意思。明教白莲教根本就是一家，朱元璋就是怕再有人借着民间宗教造反，推翻自己的皇权，所以才严令禁止一切民间秘密结社。
到了清朝嘉庆18年，白莲教的之乱席卷川、陕等地造成死伤无数，后来被清政府全面镇压。白莲教为了避开清政府注意，只能再次转入地下，并且更换教名。后来出现的真理教、红莲教、天道教、万全教、义和门等众多教派全都是从白莲教衍生出的新教派。直到清末又出现了小刀会、黄莲教、义和拳等打着扶清灭洋旗号的神兵全民教派，也全都是起源于白莲教。
三阳邪教也是白莲教的余孽之一。清末时，借着当时的朝政混乱，社会动荡而建立的。三阳邪教将宇宙分为青阳、红阳、白阳三个时期，宣扬白阳末世，四处网罗信众，实则为非作歹，作恶无数。到了民国初年其他白莲教分支教派都已经没落，只有三阳教不断壮大，当时的信奉者已经有过万之众，在全国设有分坛。
天津卫是三阳邪教的总坛口，三阳邪教上有教主，教主坐下两大使者、三大护法、七门十二坛。这教主“黄袍老祖”说自己得成大道，是九天荡魔祖师的弟子，但此人却失踪已久，有传说是得道成了仙，也有说是被人破法，打去了道行，回深山从头修炼去了。
三大护法神龙见首不见尾，现在活跃的只有两大使者、七门十二坛。两大使者和七门十二坛各有擅长的妖法邪术，着实比三大护法更加厉害难缠。
两大使者一个是“幽冥使者”，一个是“修罗使者”
七门则按照北斗七星对应，分别是：
贪狼门，门主“天枢子”
禄存门，门主“天玑子”
文曲门，门主“天权子”
廉贞门，门主“玉衡子”
武曲门，门主“开阳子”
破军门，门主“摇光子”
七个门主统领十二坛，在各地发展信徒操控人心，传授妖术邪法，号称能渡人得道成仙，其中廉贞门门主玉衡子最为神秘，连教中许多骨干成员，都没见过这人。只知道这人是教主黄袍老祖的亲传弟子
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