主，皆不受朝命。
朝廷见此大为恐惧，唯有下诏安抚，并让殷仲堪复任荆州刺史，请求和解。众人于是受命返回驻地。
早在桓玄在江陵横行时，殷仲堪亲党就已劝殷仲堪杀死桓玄，但没得听从。
桓玄自被推为盟主后，就更加矜侉倨傲，而杨佺期就被桓玄以寒门相待，但出身弘农杨氏的杨佺期却自以其族是华夏贵胄，一直都认为江东其他士族根本比不上他家，于是对桓玄十分不满，更打算袭杀桓玄，可是因殷仲堪顾忌桓玄死后无法控制杨佺期兄弟才被阻止。
当时桓玄亦知杨佺期想杀死自己，于是有了消灭杨佺期的意图，更屯驻夏口，并以始安太守卞范之为谋主。
东晋隆安三年，桓玄请求扩大其辖区，而执政司马元显（司马道子之子）亦想趁机离间桓玄与殷、杨二人的关系，故此加桓玄都督荆州长沙郡、衡阳郡、湘东郡及零陵郡四郡诸军事，并改以桓玄兄桓伟代杨佺期兄杨广为南蛮校尉。
此举触怒了杨佺期兄弟，杨佺期更以支援后秦围攻的洛阳为名起兵，但皆被殷仲堪阻止。当年荆州有大水，殷仲堪开仓赈济灾民，桓玄就乘此机会起兵，亦以救援洛阳为名。
当时桓玄写信给殷仲堪，称他要消灭杨佺期，并命殷仲堪收杀杨广，否则会进攻江陵。
桓玄袭取殷仲堪在巴陵的积粮，又向路经夏口的梁州刺史郭铨假称收到朝廷下令命郭铨为自己前锋以讨杨佺期，故此授江夏兵予他，命他督诸军前进。
当时桓玄密报桓伟作为内应，但桓伟遑恐，更向殷仲堪自首，于是被殷仲堪掳为人质，并命其写信给桓玄，在信中苦劝桓玄罢兵，不过桓玄不为所动，自度桓伟必因殷仲堪优柔寡断、常虑儿子的性格而无危险。
殷仲堪心急如焚，深知时局紧迫，不容片刻耽搁，于是毅然决定派遣殷遹统率七千精壮水军，浩浩荡荡驶向西江口，意图以水路之利，给桓玄来个措手不及。那七千水军战船连绵，旌旗蔽日，声势浩大，仿佛能将西江口的波涛都一并吞噬。
然而，桓玄岂是等闲之辈，他早已料到殷仲堪会有此一招，便派遣郭铨与苻宏两位大将，率兵迎击。两军在江面上相遇，战鼓雷动，箭矢如雨，水面瞬间被鲜血染红。
郭铨与苻宏指挥若定，战术精妙，殷遹虽勇猛，却终因寡不敌众，败下阵来，七千水军几乎全军覆没，西江口一战，桓玄大获全胜。
殷仲堪得知败讯，脸色铁青，却仍不甘心就此认输。他咬紧牙关，再次调兵遣将，这次
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